Ele é um dos alvos da investigação sobre uso irregular de um sistema secreto de monitoramento de geolocalização de celulares durante o governo de Jair Bolsonaro.
Fortunato Pinto foi afastado das funções pelo ministro Alexandre de Moraes. Ele atuou durante o governo de Bolsonaro como diretor de Operações de Inteligência da agência —área responsável por adquirir e manusear o software cujo uso é investigado.
O dirigente afastado foi nomeado como secretário de Planejamento e Gestão, o terceiro cargo mais alto na estrutura da Abin, pelo atual chefe da agência, Luiz Fernando Corrêa, quando ainda não era investigado.
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