當局根據《橫琴粵澳深度合作區建設總體方案》及《橫琴粵澳深度合作區總體發展規劃》，經管委會研究同意，合作區自3月1日起正式封關運行，並形容這是實現合作區第一階段發展目標的標誌性舉措，也是推動琴澳一體化發展的重要一步。
「一線放開、二線管住」
按照《總體方案》，橫琴與澳門特別行政區之間設為「一線」，橫琴與中華人民共和國關境內其他地區之間設為「二線」。財政部、海關總署、稅務總局等發佈政策，合作區將實施「一線放開、二線管住」的稅收政策。
貨物方面，除另有規定外，符合條件的貨物經「一線」進入合作區免稅，其他情形予以保稅。「二線」進入內地按規定徵收進口稅收，符合條件的可享受加工增值免關稅。
物品方面，個人行李和寄遞物品經「一線」進入合作區，以自用、合理數量為限且符合有關規定予以免稅。「二線」進入內地參照，自澳門進入內地的進境物品適用的有關規定監管、徵稅。
「二線」通道道路建設
現時合作區已建成多條「二線」通道的道路建設，包括5個通道共6個基建。橫琴大橋、橫琴隧道、深井通道、橫琴碼頭，廣珠城軌延長線橫琴站、珠海長隆站分別作為合作區的「二線」通道。
此外，十字門隧道通道正在加緊建設臨時監管設施，屆時通過驗收後，將實行臨時出島通行措施。其餘場所均已相繼開展了卡口設備測試、綜合功能測試以及壓力測試和情景模擬等，有關信息化建設工作同步推進。下階段將進行擴建「深井通道」的建設工作。
三類配套文件制訂通關管理
合作區及海關部門近期發佈系列配套文件，分別為「貨物政策類」、「物品政策類」、「綜合管理類」三大類。
貨物政策類文件列明免稅進口主體的審核認定機制，合作區主體進口自用免稅設備協助審核工作機制；物品政策類文件列明符合條件的澳門居民攜帶動植物產品從「一線」進入合作區的具體規定，以及針對個人攜帶行李物品經「二線」離開合作區物品來源及其繳稅情況認定標準；綜合管理類文件將就「二線」通道的攻能定位，列明對邊境管理的制度。
當局表示執委會各及海關等部門，將根據有關政策及配套措施，儘快制定完善內部工作機制，並加快推動智慧口岸公共服務平台建設。
