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根據監測數據，工作日期間全線車流總體平穩有序，週末期間車流量增幅約30%，部分時段出現車流緩行現象。
從車流時段分析，車流高峰主要出現在上午11至12時，下午16至17時。預計暑假結束，以及人們逐漸熟悉和適應深中通道通行路線後，車流會逐步回歸正常水平。
文旅業、餐飲業受深中通道開通的影響首先顯現，如中山博物館參訪人數較去年同期有較大幅度上升，南朗崖口村餐飲業全面飄紅，「中山乳鴿已被深圳人吃光」的傳言也提供側面佐證。
深中通道目前承擔跨珠江口總車流量的約四分之一，保安全、保暢通壓力巨大。
深中通道管理中心路產管理部部長黃曉紅表示，在全線設置了6個應急駐勤點，路政人員24小時巡查，並與交警、拯救單位等在西人工島聯合指揮、多部門聯動，確保及時處置各類突發事件，車流量較大時會採取遠端導流、近端交替通行等措施。
