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ESI為國際公認的學術評價指標，僅收錄近十年論文被引次數排名全球前1%的學科。目前澳大共有15個學科進入ESI排名。
校方表示，此成果反映澳大「針尖戰略」聚焦關鍵技術領域的研究取得成效。工程學方面，澳大重點發展微電子、人工智能、數據科學等前沿方向，其中模擬與混合信號超大規模集成電路國家重點實驗室表現突出，2023至2024年在IEEE ISSCC頂級會議的論文收錄量位居中國高校首位。
計算機科學學科除ESI排名躍升外，在《美國新聞與世界報道》2024-2025全球最佳大學排名中位列第101位。澳大智慧城市物聯網國家重點實驗室團隊在人工智能、大數據等領域持續突破，研究成果已成功轉化應用。
藥理學與毒理學結合免疫學、神經科學等跨學科技術，推動中醫藥創新。校方指出，中華醫藥研究院及中藥質量研究國家重點實驗室成果豐碩，澳門中藥檢測中心118項檢測獲CNAS認可。該學科在US News排名中位列全球第33位，居港澳地區第一。
澳大現有15個ESI學科，除上述三項前0.1%學科外，還包括社會科學總論、材料科學等12個前1%學科。
