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據報道，香港特區政府就40項條文提出修正，包括刪除「發出手令後6個月期屆滿後，將指明人士列為潛逃者」的時間規定；「國際組織」、「公職人員」定義指明更清晰，以及加入維護國家安全委員會角色等，修訂獲大多議員支持，認為可令條例更清晰。
對於加入國安委角色，保安局表示，訂立全新維護國家安全條例的其中一個目的，是全面落實全國人大「528決定」和香港國安法規定的憲制責任及義務。有必要明確將有關要求納入條例草案，以確保任何人按特區法律授予的職能執行決定時，尊重和依法執行國安委的判斷和決定。
有議員希望當局明確條文是否包含釋法內容中任何組織、個人不得干涉國安委工作。保安局認為，條文已將人大釋法的內容同本地法例銜接，確保包括行政、立法和司法機關在內組織必須尊重和執行國安委決定，國安委的判斷和決定有更清晰法律效力。
因應某些公營機構對特區的安全或重要利益有重要影響，以及或有較大機會接觸國家秘密等，修正案建議，賦權行政長官會同行政會議，可透過附屬立法，增加就「煽惑離叛」罪或「國家秘密」相關罪行適用的「公職人員」範圍，令條文更具前瞻性。
另外，有議員關注新增有關「受禁組織的影子組織」條文。署理律政專員蕭敏鏇解釋，條文原意是禁止有人繼續以受禁組織名義行事；保安局補充，不排除有組織與受禁組織相似，又或同一班人另起爐灶，此類情況下，保安局局長仍有權採取禁制步驟，施加罰則。
香港特區政府於今年1月成立應變反駁隊，簡稱反駁隊，專門為政府政策辯護，以及反駁網絡和媒體上對政府政策批判的隊伍，特別是用作反駁外界對於基本法23條立法的批判，並回應市民及外界對政策的擔憂。
反駁隊主要成員包括保安局局長鄧炳強、行政會議召集人葉劉淑儀、全國人大常委李慧琼及港區全國政協委員黎棟國等。
