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制度創新是做好橫琴粵澳深度合作區開發的重要抓手，《橫琴粵澳深度合作區建設總體方案》提出以創新的管理體制和法律體制，落實總體方案，推動各種要素便捷高效流動，促進澳門經濟適度多元發展，建設便利澳門居民生活就業的新家園。
行政法務司司長張永春、社會文化司司長歐陽瑜今（13日）出席《橫琴粵澳深度合作區建設總體方案》首場媒體介紹會，就《總體方案》中關於管理體制、法律體制、社會民生等方面工作回答媒體問題。
《橫琴粵澳深度合作區建設總體方案》提出健全粵澳共商共建共管共享的新體制，粵澳雙方共同組建合作區的開發管理機構和開發執行機構，並將合作區上升為廣東省管理，建立合作區收益共享機制和常態化評估機制，及時檢視合作區的發展和建設對促進澳門經濟適度多元化發展的貢獻。
管理委員會是合作區的開發管理機構，由粵澳雙方在粵港澳大灣區建設領導小組下聯合組建。管理委員會可在職權範圍內，統籌決定合作區的重大規劃、重大政策、重點項目和重要人事任免。管理委員會實行雙主任制，由廣東省省長和澳門特別行政區行政長官共同擔任，澳門特別行政區委派一名常務副主任，粵澳雙方協商確定其他副主任。
管理委員會下設執行委員會，是合作區的開發執行機構，主要職責是履行合作區的國際推介、招商引資、產業導入、土地開發、項目建設、民生管理等職能。執行委員會主要負責人由澳門特別行政區政府委派，廣東省和珠海市派員參加。
此外，合作區上升為廣東省管理，並成立廣東省委和省政府的派出機構，集中精力做好國家安全、刑事司法、社會治安等工作，切實履行屬地管理職能，積極配合合作區管理和執行機構推進合作區開發建設。
良好的法治保障是合作區行穩致遠的關鍵。深度合作區將充分發揮“一國兩制”的制度優勢，在遵循《憲法》和《澳門基本法》的前提下，合作區將逐步構建民商事規則銜接澳門、接軌國際的制度體系。
同時，將加強粵澳司法交流協作，建立健全國際商事審判、仲裁、調解等多元化商事糾紛解決機制，研究強化拓展橫琴新區人民法院的職能和作用，為合作區的建設和長遠發展提供高效便捷的司法服務和保障。
