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《橫琴粵澳深度合作區建設總體方案》確立了橫琴粵澳深度合作區的戰略定位：促進澳門經濟適度多元發展的新平台、便利澳門居民生活就業的新空間、豐富「一國兩制」實踐的新示範、推動粵港澳大灣區建設的新高地。
總體方案提出，促進澳門經濟適度多元發展的新平台：立足粵澳資源稟賦和發展基礎，圍繞澳門產業多元發展主攻方向，加強政策扶持，大力發展新技術、新產業、新業態、新模式。
總體方案提出，便利澳門居民生活就業的新空間：推動合作區深度對接澳門公共服務和社會保障體系，為澳門居民在合作區學習、就業、創業、生活提供更加便利的條件，營造趨同澳門的宜居宜業生活環境。
總體方案提出，豐富「一國兩制」實踐的新示範：堅守「一國」之本，善用「兩制」之利，立足合作區分線管理的特殊監管體制和發展基礎，率先在改革開放重要領域和關鍵環節大膽創新，推進規則銜接、機制對接，打造具有中國特色、彰顯「兩制」優勢的區域開發示範，加快實現與澳門一體化發展。
總體方案提出，推動粵港澳大灣區建設的新高地：充分挖掘粵港澳大灣區制度創新潛力，用足用好澳門自由港和珠海經濟特區的有利因素，加快提升合作區綜合實力和競爭力，有力支撐澳門－珠海極點對粵港澳大灣區的引領作用，輻射帶動珠江西岸地區加快發展。
總體方案提出，根據橫琴全島客觀現實情況，對合作區進行分區分類施策管理。澳門大學橫琴校區和橫琴口岸澳門管轄區，由全國人大常委會授權澳門特別行政區政府管理，適用澳門有關制度和規定，與其他區域物理圍網隔離；粵澳雙方共商共建共管共享區域採用電子圍網監管和目錄清單方式，對符合條件的市場主體，實施特殊政策。
