《橫琴粵澳深度合作區建設總體方案》提出，通過發展科技研發和高端製造產業、中醫藥等澳門品牌工業、文旅會展商貿產業、現代金融產業，以及完善企業所得稅優惠政策，促進境內外人才集聚等六方面，發展促進澳門經濟適度多元的新產業。
建設發展科技基礎設施
方案提出，佈局建設一批發展急需的科技基礎設施，組織實施國際大科學計劃和大科學工程，高標準建設澳門大學、澳門科技大學等院校的產學研示範基地，構建技術創新與轉化中心，推動合作區打造粵港澳大灣區國際科技創新中心的重要支點。大力發展集成電路、電子元器件、新材料、新能源、大數據、人工智能、物聯網、生物醫藥產業。
發展中醫藥生產基地及服務貿易
總體方案提出，著眼建設世界一流中醫藥生產基地和創新高地，優化粵澳合作中醫藥科技產業園發展路徑，以國家中醫藥服務出口基地為載體，發展中醫藥服務貿易，建立具有自主知識產權和中國特色的醫藥創新研發與轉化平台。對在澳門審批和註冊、在合作區生產的中醫藥產品、食品及保健品，允許使用「澳門監造」、「澳門監製」或「澳門設計」標誌。
發展旅遊健康產業 推動貿易數字化轉型
總體方案提出，高水平建設橫琴國際休閒旅遊島，支持澳門世界旅遊休閒中心建設，在合作區大力發展休閒度假、會議展覽、體育賽事觀光等旅遊產業和休閒養生、康復醫療等大健康產業。加強對周邊海島旅遊資源的開發利用，推動粵港澳遊艇自由行。支持粵澳兩地研究舉辦國際高品質消費博覽會暨世界灣區論壇，打造具有國際影響力的展會平台。支持粵澳合作建設高品質進口消費品交易中心，構建高品質消費品交易產業生態。建設中葡國際貿易中心和數字貿易國際樞紐港，推動傳統貿易數字化轉型。
打造中國－葡語國家金融服務平台
總體方案提出，充分發揮澳門對接葡語國家的窗口作用，支持合作區打造中國－葡語國家金融服務平台。鼓勵社會資本按照市場化原則設立多幣種創業投資基金、私募股權投資基金，吸引外資加大對合作區高新技術產業和創新創業支持力度。支持在合作區開展跨境人民幣結算業務，鼓勵和支持境內外投資者在跨境創業投資及相關投資貿易中使用人民幣。
有利經濟適度多元發展的產業企業減稅免稅
總體方案提出，對合作區符合條件的產業企業減按15%的稅率徵收企業所得稅，將有利於澳門經濟適度多元發展的產業全部納入政策範圍。對企業符合條件的資本性支出，允許在支出發生當期一次性稅前扣除或加速折舊和攤銷。對在合作區設立的旅遊業、現代服務業、高新技術產業企業新增境外直接投資取得的所得，免征企業所得稅。
建設國家級海外人才離岸創新創業基地
總體方案提出，制定吸引和集聚國際高端人才的政策措施，大力吸引「高精尖缺」人才，對符合條件的國際高端人才給予進出合作區高度便利，為高端人才在合作區發展提供更加優質服務。完善外國人才簽證政策，便利國際人才參與合作區建設。支持引進世界知名大學。建設國家級海外人才離岸創新創業基地。
