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規劃共十四章，涵蓋單元詳細規劃與地塊開發細則。整體空間格局將打造成「十字軸帶、三大片區、三心多點」的結構：
十字軸帶：琴澳一河兩岸合作軸帶、天沐河城市中心發展軸帶。
三大片區：琴澳活力核心區、創新智造產城區、生態健康休閒區。
三大中心：琴澳活力中心、金融島金融中心、天沐河科創新中心。
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在具體實施上，規劃重點突出了以下幾個範疇：
一、 交通與通關設施
聯澳通道：在現有蓮花大橋與澳大河底隧道基礎上，新增四條聯澳通道（十字門大道延伸線、匯通五路、聯澳路、長隆大道），具體形式與選址將待琴澳雙方商議後落實。
「一線」口岸：配合橫琴「分線管理」，在現有橫琴口岸外，規劃新增澳大橫琴校區、金融島碼頭、聯澳路及長隆大道等四處口岸設施空間，共計五處。
「二線」通道：保留現有設施，並新增芒洲隧道、洪灣隧道、橫琴二橋及環島北路西延線等通道；同時預留高鐵橫琴站的「二線」通道空間，鼓勵相關用地作綜合開發。
軌道交通：除已營運的珠機城際外，廣珠（澳）高鐵將穿越磨刀門水道進入深合區，於天沐河科創新中心設立「高鐵橫琴站」，並預留向東延伸的條件；另規劃四條橫琴城市軌道。
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二、 教育與文化設施
教育用地：首次明確深合區高等教育用地約99.6公頃（不含現有澳大橫琴校區），集中於天沐河西段兩岸，將用於建設「澳琴國際教育城」。同時，將根據人口增長，適時興建涵蓋幼兒園至初中的基礎教育設施。
文化設施：將新增琴澳演藝中心、琴澳博物館（含體育公園）、未來館（科技展覽）、國際會議中心及赤沙灣遺址博物館等大型城市級設施，以及兩處社區文化中心。
