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據公開資料顯示，馬興瑞生於1959年10月，山東鄆城人。作為力學工程師及航天專家，他早期長期深耕工程技術領域。1996年至2013年間，他歷任國防科技工程多項要職，曾任中國航天科技集團總經理，並參與領導多個重大航天項目，包括擔任「實踐五號」衛星總指揮兼總設計師、「神舟七號」副總指揮，以及運載火箭和探月工程總指揮等。
2013年3月，馬興瑞離開軍工央企步入政壇，出任工信部副部長，並兼任國家國防科工局、國家航天局及國家原子能機構等部門首長。同年11月，他調任廣東省委副書記兼政法委書記，其後歷任深圳市委書記（2015年）及廣東省省長（2017年）。
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他是中共第十八屆、十九屆中央委員，2021年12月調任新疆維吾爾自治區黨委書記，並於2022年二十屆一中全會上當選中央政治局委員。
2025年7月，官方宣布馬興瑞卸任新疆黨委書記等職務且「另有任用」，但他此後未再獲新職或公開露面。同年11月底起，他接連缺席中共政治局集體學習、中央經濟工作會議及政治局民主生活會等重要高層會議。
