澳區全國人大代表團表示，由於合作區在行政域上屬於內地，適用內地法律制度，澳琴適用兩種不同的法律制度，這是合作區建設所面臨的最基本現實。代表團指出的實際困難包括：
中央部委政策供給受制於現行法律法規的約束難以有大的制度性突破
琴澳一體化涉及如何打通物流、人流、資金流及信息流的障礙，其中大部分均屬中央事權。「很多政策和改革訴求的背後往往涉及到現行法律法規的調整。一些國家部委全力支持在現行法律框架下作小切口式的『微創手術』，但難以取得實質性突破。」
省級立法權和珠海經濟特區立法權解決問題的作用有限
廣東省人大常委會2023年為合作區制定的《橫琴粵澳深度合作區發展促進條例》解決了一些問題，但受限於地方立法權限，當涉及到國家事權時只能作「軟性規範」，大量條款使用「支持」、「推動」、「鼓勵」等措辭。
澳門特區通過自身修法難以解決合作區的實際規則障礙問題
合作區建設3年來，澳門特區通過立法、制定行政法規和行政長官批示形式，修訂了一些法律法規。如解決了澳門公職人員到合作區任職、澳門新街坊學校教育免費等問題，但僅局限在澳門公共福利和服務保障延伸到在合作區生活的澳門居民，由於合作區適用的都是內地法律法規，調整澳門的法律無法解決合作區的法律制度和規則「銜接澳門、接軌國際」問題。
「一事一議」調法調規模式不足以高效解決合作區規則障礙問題
第一階段合作區建設任務基本完成，剩下的都是「硬骨頭」，均涉及破解跨境要素流通背後的規則、規制、管理及標準等制度性壁壘。儘管《總體方案》規定，改革涉及到調整法律、行政法規可以申請調整或者暫停實施，但根據內地現行規則，仍要「一事一議」法律授權，採取該路徑的週期長、成本高，難以保障於2029年實現第二階段目標所規定的合作區與澳門「規則深度銜接的制度全面確立」的工作任務。
澳門中聯辦主任鄭新聰（中）與十二位澳區全國人大代表劉藝良、吳小麗、何雪卿、何敬麟、陳虹、施家倫、高開賢、容永恩、黃顯輝、蕭志偉、崔世平、溫能漢。
面對相關問題和困難，代表團指出，澳門社會各界期待進一步解放思想，大膽嘗試，為深合區開展法律制度重大創新，在保障合作區建設的同時，也為國家的制度創新積累有益經驗。建議在深合區開展法律制度重大創新：
固化合作區近年來的開發建設成功經驗
落實黨的二十屆三中全會《決定》關於“及時將改革成果上升為法律制度”的要求，將合作區第一階段探索的有效政策、成功經驗、落實舉措等法治化，保持政策穩定性、可預期性。
把「澳門+橫琴」的戰略定位從政策宣示轉化為具體的法律規則
「澳門+橫琴」的戰略新定位目前仍處於政策層面，只有在法律上將其變成可以操作和落實的規則，方可釋放這個戰略定位的巨大紅利，推動合作區取得實質性重大改觀。
一攬子破解澳琴一體化制度性和規則性壁壘矛盾
允許合作區在海關、財稅、金融、醫藥等強監管領域的法律規則真正「銜接澳門、接軌國際」。合作區未來可以根據經濟、產業發展及澳琴融合的實際需要，借鑒、移植或適用澳門或其他地方的法律規則。
代表團又建議研究建立中央、廣東、澳門特區多方聯動的工作機制、決策機制，共同深入研究上述問題。探索「兩制」融合新途徑，探索制度最有利的條件，借鑒自貿區對調整個別法律的成功經驗等多種可行的途徑，透過立法全面促進深合區與澳門「規則銜接、機制對接」。
在深合區的貿易規範、產業發展、社區管理等方面創造出一套基於內地、趨同澳門、借鑒國際的先進法律制度。為加快建成琴澳經濟高度協同、規則深度銜接的制度體系，把琴澳一體化提升到更高水準奠定堅實的法律基礎。
