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首班列車將於開通當天下午1時11分從蓮花站發車，乘客可提前抵達車站，按照現場人員指引有序上車。橫琴線全程行駛時間僅約2分鐘，班次間隔約6分鐘，極大提升出行效率。
橫琴線全長約2.2公里，設有蓮花站和橫琴站兩個車站。運營初期，車資計算將依據《澳門特別行政區公報》所公佈的第188/2023號行政長官批示執行。跨海段（蓮花站至橫琴站）的車資計算方式與氹仔線的跨海段（媽閣站至海洋站）相同，視為兩站收費。
目前，橫琴線與現有的其他輕軌線未實現無縫銜接。前往內地的乘客需在蓮花站轉乘橫琴線，通過長約900米的十字門水道河底隧道，抵達位於橫琴口岸澳門口岸區地底的橫琴站。出站後，可經扶手電梯或升降機前往離境大堂。
抵達澳門的旅客如搭乘橫琴線，則需在蓮花站轉乘氹仔線，方可前往澳門其他地區。
