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首批藥物清單由澳門衛生局建議，作為供深合區「澳門新街坊」衛生站使用的基本藥物，合共有296種，均為本澳已上市的藥物。當中包括用於治療常見心血管疾病、呼吸道疾病、代謝疾病、皮膚病、腸胃病及感染症等藥物，經澳門藥物監督管理局確認並與廣東省藥品監督管理局溝通協調，同意將上述藥物清單作為第一批供深合區指定醫療機構使用的澳門藥物。
廣東省藥品監督管理局、廣東省發展和改革委員會、廣東省衛生健康委員會以及中華人民共和國海關總署廣東分署，於2023年9月聯合發佈了《關於支持在橫琴粵澳深度合作區使用澳門地區已上市部分藥品的工作方案》，於深合區內為澳門居民提供基礎醫療服務的指定醫療機構，可使用澳門已上市的部分藥物，並對該等澳門藥物實行目錄管理。
