生態島模擬效果圖（圖片：環境保護局）
雖然《海洋功能區劃》及《海域規劃》的公開諮詢已於2024年2月16日結束，然而，生態島的爭議並未隨著諮詢結束而休止。
負責「生態島」項目的環境保護局更在諮詢期結束後開設「生態島」專題網頁解釋建設生態島的必要性。當局強調本澳現時唯一的建築廢料堆填區，由2006年開始使用至今，已接收超過4,900萬立方米的建築廢料，處於飽和狀態，情況嚴峻。
據環境保護局數據顯示，2023年本澳建築廢料堆填區堆埋總體積為1,682,970立方米，相當於673個（約2,500立方米）奧運標準游泳池。
立法會議員林宇滔直言，堆填區「逼爆」問題已存在十多年，他看到當局近年在堆填區作出的努力，但在源頭減少建築廢料措施方面則遠遠不足夠。「我未見到政府窮盡一切辦法包括推行建築廢料第二階段收費、增設篩選分類設施和以區域合作等方式去解決逼爆問題。」
生態島預估位置的效果圖（圖片：環境保護局）
雖然《建築廢料管理制度》已於2021年1月17日正式生效，但在法規生效之日前已判給或有關提交投標書期間已截止的公共或私人工程的總承建商，可獲豁免在法規生效後三年內繳付在建築廢料堆填區傾卸該等工程所產生的建築廢料費用，而這一過渡規定於今年1月17日才結束。
現時惰性拆建物料的傾卸費為每公噸70澳門元、特別拆建物料及其他拆建物料的傾卸費均為每公噸200澳門元。
而香港為配合都市固體廢物收費的實施，各項建築廢物處置收費將於2024年4月1日起上調，包括堆填費由每公噸200港元增至每公噸365港元，篩選分類費由每公噸175港元增至每公噸340港元，以及公眾填料（惰性物料）費由每公噸71港元增至每公噸87港元。
「政府缺乏了比較方案告訴公眾，如果不填海，大家會付出怎樣的代價，而這個代價市民要如何去接受，以及是否已經沒有其他選項，導致不可不填。」——城市規劃師胡玉沛
缺乏科學數據支持選址
負責建造生態島項目的環境保護局局長譚偉文接受傳媒訪問時曾解釋，現時澳門水域管轄範圍共有85平方公里，但部分位置涉及航道、機場跑道等，最重要的是，澳門處於珠江口西面，被一條排洪、排沙線制約着，不能再向東面填，希望公眾理解不是特意選取該處，而是在許多制約情況下，這是一個相對適合的地方。
議員林宇滔表示，政府從來沒有向公眾解釋為何新城A區東側、港珠澳大橋珠澳口岸人工島南側的位置不可行。「我覺得這裡可以是選址之一，問題可能會是位置不夠大，但當你有咁大間屋，你就會擺咁多的垃圾（當你有一間大房子，你就會把垃圾擺得更多），關鍵是填完一個就會填第二個，這並不是可持續發展。」
城市規劃師胡玉沛則認為，該選址（新城A區東側、港珠澳大橋珠澳口岸人工島南側）或會有航空管制、船隻航道，以及影響城市沿岸形象等問題限制，不能最有效地使用的土地空間，需要政府提供更多資料作比較。「我贊成政府所講現時澳門可填海的空間不多，但往往政府缺乏了比較方案告訴公眾，如果不填海，大家會付出怎樣的代價，而這個代價市民要如何去接受，以及是否已經沒有其他選項，導致不可不填。」
胡批評，涉及如此重大的填海計劃，除了公關宣傳方式外，政府未有將環評報告開誠布公以充分的科學和數據支持選址的情況下，貿然填海過於倉促。「現時選址的海洋環境狀況、動植物物種、水體生態價值，大家很關注的中華白海豚活躍的範圍、填海施工具體的緩減措施等資訊完全不到位。」
這位城規師強調：「雖然政府指生態島的可利用年限不少於20年，但長遠來說，我們是在透支下一代的生態資源。」
據該份環評報告寫道：「在調查期間（2016年6-10月，2017年11-12月，2018年1-5月，2019年6-11月），在澳門管理水域共計出海24航次，目擊中華白海豚17群次，共計52頭次。在澳門管理水域及周邊水域累計出海88航次，目擊中華白海豚349群次。」
中華白海豚活動軌跡與選址重合
據本報初步統計，在2019至2021年間，澳門共發現8具中華白海豚屍體擱淺於澳門附近海域，自此海豚保育問題開始受到了社會的重視。
由兩個澳門生態愛好者創立的臉書專頁「生態股長 Chief of Macau Ecology」發文指出，路環南部水域是國家一級重點保護野生動物中華白海豚的出沒熱點，保護中華白海豚具有生態旅遊與經濟發展、科學研究與教育，以及文化意義。
環保局局長曾強調，生態島選址非中華白海豚經常出沒、主要活動的地方。又稱參考過以往的一些環評資料，中華白海豚在澳門的活動範圍在機場跑道的南端，而非生態島的選址。
據《澳門國際機場擴建工程環境影響報告書》中「珠江口水域中華白海豚主要調查航跡圖」及「澳門管理水域中華白海豚分布圖」，實際上生態島選址與中華白海豚在澳門附近海域活動軌跡範圍有所重合。（見附圖）
由於網上公示版本內容因版權問題被「塗黑」遮蓋（見第5-6版報導），《澳門平台》前往民航局辦公室查閱紙本報告，但現場查閱報告不允許拍照錄影，因此本報記者只能以手抄形式臨摹紀錄相關航跡及分布圖。
據該份環評報告寫道：「在調查期間（2016年6-10月，2017年11-12月，2018年1-5月，2019年6-11月），在澳門管理水域共計出海24航次，總航時37.6小時，總航程849.74km，目擊中華白海豚17群次，共計52頭次。在澳門管理水域及周邊水域累計出海88航次，總航時574.34小時，總航程10171.66km，目擊中華白海豚349群次。」
此外，市政署曾於2018-2019及2020-2021年度委託專業機構進行《澳門管理水域中華白海豚調查》。林宇滔表示，他曾透過立法會向市政署索取資料取得上述報告，而在報告中，中華白海豚分佈的位置與當局近日的說法有所出入，報告亦建議本澳劃定海洋生態保護區的範圍。
這是政府部門的困局及角色存在矛盾，當上級命令與部門專業有所抵觸時，便喪失了其專業判斷。——立法議員林宇滔
政府部門角色矛盾
香港海豚保育學會、澳門環保學生聯會及澳門生態工作者關學然發起網上聯署反對特區政府的「生態島」項目，收集逾1600個簽名聯署要求叫停計劃，以保護中華白海豚一個很重要的棲息區。
環保局局長譚偉文在諮詢期則曾明言，隨著新城 A區及本澳各項工程不斷建設，建築廢料堆填區壓力愈來愈嚴峻，當局將全力推進生態島建設，爭取2024年內完成相關報告呈交中央審批。
問及會否覺得政府似乎想把生態島建設「硬上馬」？林宇滔認為，這是政府部門的困局及角色存在矛盾，當上級命令與部門專業有所抵觸時，便喪失了其專業判斷。「環保局確實是要處理建築廢料堆填問題，但同時又是海域環境保護的主管實體。所以若從處理建築廢料角度建設生態島，我覺得部門沒有做錯，但從生態保育上，我覺得這個取捨不合理。」
