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涉事日本航空空中巴士A350及海上保安廳定翼機殘骸，仍然停放在羽田機場C跑道。兩架飛機的飛行記錄儀（俗稱「黑盒」）已尋回，羽田機場今續有逾130班航班取消。
日本國土交通省公佈空管與兩機機師對方的部份文字轉錄，初步懷疑定翼機機長誤解空管員指示。轉錄文件顯示，日航機長在降落前獲得空管的降落許可，並被告知有一架飛機在其著陸後起飛。三名日航機師均表示降落前，並沒有目視到有其他飛機進入跑道，故未曾考慮放棄著陸。
定翼機機長曾表示，獲得空管員的起飛批准方進入跑道，惟轉錄文件顯示空管員只告知其滑行至滑行道等候區等候起飛，未有發出起飛許可。日本運輸安全委員會繼續調查事故。
兩機碰撞後，日航機艙服務員用18分鐘完成全機疏散。由於機長當時並不知道機身著火，加上機尾的對講機因碰撞被損壞，乘務長無法與駕駛室聯絡。及後艙內開始冒起濃煙及乘客情緒開始緊張，乘務長最終無法按照標準規定，在未獲得機長同意前，打開飛機最前的兩個逃生出口安排疏散。整個疏散過程花費18分鐘，最後離開飛機的是機長。航空業界均在空難發生後，形容是次疏散猶如「教科書」式示範。
民航機史上最嚴重的一次跑道入侵空難，是1977年西班牙加那利群島特內里費機場空難。因其中一方機長誤聽空管指示，及無線電通信受干擾，導致兩架波音747客機在跑道相撞。最終造成583人死亡，61人受傷，亦是航空史上死傷第二慘重的空難。
