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為了鼓勵澳門居民到橫琴就業和生活，尋求廣闊的發展機遇，相對於所有在橫琴粵澳深度合作區內工作的個人，國家特別給予了澳門居民最優惠的稅務待遇。
在《橫琴粵澳深度合作區建設總體方案》第十二條的內容中，提出了“對在深合區工作的澳門居民，其個人所得稅負超過澳門稅負的部分予以免徵”，這是一條專門針對在深合區工作的澳門居民的稅務優惠政策。
澳門採用單行稅法，個人需按工作收入繳納職業稅，稅率最高為12%，而內地則採用綜合稅制，個人所得包含了工資、薪金所得、勞務報酬所得、稿酬所得、特許權使用費所得等多個收入項目，稅率最高為45%，兩地稅負存在明顯差異。
考慮到澳門居民未必適應內地稅制，同時也未必能享受深合區針對高端人才和緊缺人才的特別稅收優惠，為了鼓勵他們到橫琴就業和生活，尋求廣闊的發展機遇，相對於所有在深合區內工作的個人，國家特別給予了澳門居民最優惠的稅務待遇。在有關政策施行細則的制訂上，在充分考慮兩地稅制差異的情況下，琴澳雙方將會以簡單以及有利澳門居民的方式進行計算。
在非澳門居民方面，《橫琴粵澳深度合作區建設總體方案》亦明確在深合區工作的境內外高端人才和緊缺人才，其個人所得稅負超過15% 的部分予以免徵。稅負雖然仍高於在深合區工作的澳門居民，但與內地其他方以及很多發達國家和地區相比，稅負已相當低，有利吸引境內外高端人才和緊缺人才到深合區工作，發揮人才集聚效應，並為深合區內的高精尖產業，提供所需的人力資源。
現時，澳門經濟仍然以博彩旅遊業為主，人力資源集中在服務性行業，但長遠而言，當深合區內不同的產業蓬勃發展起來後，形成人才集聚和產業集聚，澳門居民的就業選擇亦會增多，不再局限於服務性行業，有關政策對本地人才的培養和發展的多樣性，會有很大的幫助。
