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橫琴新口岸將於 2020 年 8 月 18 日 下午3 時正式啟用開通，將採用“合作查驗，一次放行”的便利通關模式。為了配合口岸開通的順利使用，在該口岸的旅檢大堂及臨時車道開通當天，由於新舊出入境口岸需要進行交接，兩地口岸部門將實施特別安排；另外，為方便市民出行，當天將啟用三個新巴士站，並把部份巴士服務延伸至横琴新口岸澳門口岸區。
橫琴新口岸啟用開通後，橫琴口岸澳門口岸區出入境事務站隨即啟用，同時路氹城出入境事務站會停止運作。由於新舊出入境口岸需要進行交接，經兩地口岸部門協商後，將作以下安排：
- 8月18日下午2時30分，所有旅客禁止進入澳方或珠方的出境大堂及出境車道，當最後一班接駁巴士及最後一輛出境車輛抵達對方的入境區域後，蓮花大橋來往兩地舊口岸之路段隨即封閉。當前述車輛及旅客完成入境通關手續後，兩地的入境大堂及入境車道會關閉；
- 在確認兩地舊口岸之間所有旅客及車輛清空後，於下午2時50分，蓮花大橋來往橫琴新口岸路段開通，出境車輛、公共巴士、的士及其他特許車輛可前往橫琴口岸澳門口岸區，其他旅客可轉乘公共交通工具直接前往橫琴口岸澳門口岸區；
- 下午3時正，橫琴新口岸正式啟用通關。
為配合橫琴新口岸開通，治安警察局決定在通關當日同步推出兩項便利通關措施，分別是聯同珠海邊檢部門將使用合作自助查驗通道的澳門及內地居民之適用年齡由年滿11歲下調至7歲，以及在本澳各口岸將長者使用優先通道的年齡由年滿65歲下調至60歲。計劃於當天使用橫琴新口岸的市民和旅客，須留意有關口岸交接及交通管制的訊息，並配合有關安排。
橫琴新口岸採用“合作查驗，一次放行＂的便利通關模式，設計日通關流量達22萬人次，首階段通關設置了出境通道35條、入境通道34條，以及臨時出、入境車道各4條。
根據通關規定，市民或旅客如進行對外貿易活動或攜帶大量現金出入境時，均需依法向海關進行申報。出境市民或旅客在進入橫琴新口岸限定區域時，應持有合法的出入境證件，以便接受海關的出境檢查，以及到聯合查驗通道辦理出境手續。而入境方面，與現時的通關模式相同，即旅客首先接受證件查驗，然後通過海關關檢區域。入境旅客須根據實際情況選擇紅綠通道（申報通道或無需申報通道），若旅客攜帶現金及或無記名可轉讓票據折合澳門幣十二萬或以上，或攜有受管制物品時，必須帶備申報文件，選擇紅色通道進行報關。
為方便市民和旅客往來橫琴新口岸，交通事務局將於 8 月 18 日下午2時30分開始，啟用三個新巴士站，並安排現有25B及50路線巴士由同日下午2時45分起延伸服務至橫琴口岸澳門口岸區；下午2時50分起，新增二十四小時運行的接駁巴士線701X，將往返橫琴澳方口岸站至蓮花大橋站及蓮花路停車場站。橫琴新口岸澳門口岸區亦設有的士站，乘客在此的士站上車須繳付每程澳門元5元之附加費。
