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在設計概念上，合作區品牌視覺標誌將「琴」字的首字母Q巧妙融入設計之中；中間負形是並蒂蓮的花形剪影，寓意著琴澳兩地如同並蒂蓮花般並蒂綻放、共榮共生。
柔和的八角圓形部分代表蓮葉，寓意並蒂蓮花在蓮花的保護下自然生長，自信綻放，代表中央及各部會、粵澳政府及各方對合作區的關懷與支持；底部向右伸出的部分代表蓮莖，也寓意琴澳同根同源，中華文化一脈相承、同氣連枝。
標識底部右側以方印設計，印章作為中華文化中身份、信任與承諾的象徵。
在色彩運用上，標誌採用了藍綠色漸層的色調方案。藍色代表廣闊的天空，預示著合作區未來發展的無限可能；綠色則為碧水，傳遞出合作區海納百川、包容並蓄的無盡胸懷。水天相接的設計概念，展現出「山水琴澳島，合美新家園」的獨特韻味與魅力。
合作區執委會表示，此次發表的品牌視覺標識，不僅是一張展示合作區形象的名片，更是承載著深厚文化底蘊與未來願景的重要載體。
下一步，此形象標識將應用於合作區各項重大活動，包括城市宣傳推廣、以及招商引資等活動中，同時也會應用在城市公共建築、形象窗口、特色區塊等各個方面。
