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深合區城市規劃和建設局表示致力發展多元交通，包括設立14條點對點琴澳跨境通勤專線。在橫琴口岸等重點區域，開通多條無人駕駛免費專線，同時優化多條公共交通線路。此外琴澳長隆無人駕駛專線亦已開通，免費乘搭且途經多個商圈和景點。此外，澳門大學連接橫琴口岸通道橋建設完成，將隨著口岸二期通關安排落實方可使用。
當局亦正研究琴澳水路交通的建設。當局表示正籌劃往來澳門內港碼頭及橫琴金融島的航線，惟需時間與內地當局商討。據澳門電台報道，深合區城市規劃和建設局副局長汪雲指，開通航線在內地相當複雜，要研究興建碼頭的可行性。他解釋現時正進行前期技術論證階段，暫未有計劃時間表。
