Descobrira o Estreito para passar do Atlântico ao Pacífico e a 26 de Novembro de 1520, já nesse oceano com três naus iniciou a travessia, crendo ser a sua imensidão dois terços menor e daí, a fome e escorbuto a dizimar a tripulação.
Em 16 de Março de 1521 avistou o Arquipélago Poente, chamando-o de São Lázaro devido à rápida convalescença dos homens, de novo com acesso a boa água doce, vegetais frescos e fruta, trocadas por bugigangas à passagem por as inúmeras ilhas. Quando aportou em Mazaguá (Massava) a 28 de Março, o intérprete Henrique no seu malaio compreendeu a fala local e estabeleceu entendimento e como prova de amizade, à delegação foi oferecido um lauto banquete. Quebravam assim o forçado jejum de Quaresma, apesar de ser Sexta-feira Santa. Ao inteirarem-se estar próximo do destino, a saúde da tripulação ressuscitou, tal como o ânimo de Fernão de Magalhães ao entender encontrar-se a Norte das Molucas.
No Domingo de Páscoa saía da nau pela primeira vez o capitão-mor para assistir à missa realizada na praia, onde se colocou o altar. Em cortejo triunfal, à frente com pompa iam os porta-bandeiras em trajes cerimoniais, seguindo o imponente Fernão de Magalhães envergando uma reluzente armadura. Realizadas as celebrações, imitando os indígenas os gestos, logo ali todos se converteram. Tamanha adesão entusiasmou-o a procurar novos fiéis e territórios para a coroa espanhola e daí chegar à ilha de Cebu, maior e de mais importância, a 7 de Abril. Para aportarem foi exigido o pagamento da taxa, mas um mercador muçulmano ali a negociar, conhecendo a fama guerreira dos europeus, desaconselhou o Rei Humabon a afrontá-los, pois sofreria terríveis consequências. Dez dias depois, numa grandiosa cerimónia converteu-se o rei e o povo. Embriagado com os sucessos e para provar a sua invencibilidade, Magalhães assumiu o comando de uma acção a obrigar o vizinho regedor de Mactán Lapulapu a pagar tributo ao Rei de Cebu, já súbdito de Carlos V. Prescindindo de ajudas, com apenas sessenta homens em três batéis atravessou o pequeno estreito e foi atacar os milhares de nativos que na praia os esperavam com dardos e lanças de bambu.
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